一部军用的机械人在无人的情况自动启动、一个名为帆场瑛一的篠原重工天才程序员自杀；谁也没想到，两起无关事件却会在将来把东京带入恐怖中。
东京各处陆续发生了一系列机械人暴走的事情，经过特车2课的调查，发现可疑之处是一套新推出的机械人操作系统：HOS，而该OS是篠原重工的作品。更为严重的是眼下大部分的机械人都已更换为此系统，所以后藤他们认为潜在的危机是十分可怕的(如果东京内的大部分机械人一起暴走，那么东京就将毁灭)。但是没有任何的证据证明机械人暴走与HOS有关，为此后藤委托松井刑事协助调查。当调查到HOS主创人员帆场时，发现他早已把自己的过去资料抹去，唯有他的住处记录还存在着。松井追随着几年来帆场所暂住的地方，却惊异的发现帆场在这几年内竟然搬过20几次家，而每当线索带着他们来到其中的某一处地方时，那里似乎都是被新时代建筑所淘汰的过去回忆，时间的脚步仿佛已经开始在慢慢倒转着。甚至松井也不禁在怀疑：难道是帆场瑛一刻意带着他来看到这些被人们遗忘的角落？他到底想告诉我们什么？
同时，特车2课第2小队的各位并没有闲着，在繁夫的帮助下，他们似乎找到了机械人暴走的条件：当风速达到40/S时与建筑物之间产生的共鸣，会使HOS中的隐藏功能对这个现象做出反映。而他们也意识到了：东京市内可以使所有机械人同时发狂的共鸣物，就是那个“巴比伦计划”、那个高耸入云的建筑、那个代表着人类欲望与技术结晶的建筑！此时电视传来了气象预报的声音：“预计今夜风速达40/S的台风将登陆东京，请做好防范准备......”
【9.5】補標.川井配樂蒙太奇介紹世界觀,押式長鏡頭,押式魚眼.押式日常>押式哲學思想.在之後的作品裏隨處可見.作畫色調劇情上的大upgrade,看慣TV的我狂喜.IG傳奇之路的序章.小倉宏昌大顯身手.尾段比任何一部少年漫都來得更熱血,打地鼠式戰鬥,女人間的對決,對機械最原始的熱愛.完美之作,一看再看永不厭倦.
方舟作战前，后藤所言说的其实是国家行政的逻辑：你必须先界定控制对象是什么，然后才能考虑怎么去控制它，但可惜的是，大多数时间里、或者说越来越多的情况下，政治控制的对象正在失去其本身的自明性。因此巴别塔最终会倒下来，确定性的政治一定要完结。这也是我说痞子的《新哥斯拉》拍得像霓虹政府的宣传片一样的原因——任何一个正义的伙伴都很难不在现代政治中体会到一种失能感。
